Olá e bem-vindo à comunidade AndroidPT !
Desde já tenho de te alertar para o facto que a partir do momento que fizeste root ficaste sem garantia do aparelho. Contudo existe forma de apagar esses registos de root (e não só) para que, caso seja preciso, possas voltar ao estado legal para garantia.
A primeira coisa a fazer antes de flashar qualquer ROM é fazer o backup do IMEI. Isto porque existe o risco de o perderes e nunca mais o recuperares. Para isso segue este guia -> LINK
Quando às ROMs, tens a cyanogenmod que têm as últimas versões do Android (4.3 e 4.4) e tens as ROMs baseadas nas ROMs stock Samsung que vão até ao Android 4.1.2.
É mais provável encontrar bugs nas ROMs cyanogen do que nas ROMs Samsung.
Se queres ir para a cyanogen segues este guia (feito por mim). Nessa tens a versão 4.3 que é a mais estável das cyanogen até ao momento.
Existe a cyanogen coma versão 4.4 que está bastante boa mas não tão "segura". Se quiseres experimentar segue estes passos.
Regra de ouro n1: Nunca mudar de ROM sem ter feito um backup do IMEI (processo que se faz uma só vez e não é preciso repetir cada vez que se muda de ROM).
Regra de ouro n2: Não esquecer de fazer os backups de tudo (documentos, fotos, etc..) antes de mudar de ROM.
Qualquer dúvida é só dizer!